Во-первых предлог by означает, каким транспортом вы едете:
I go by car/bus/plane.
Причем by — это именно на чем вы едете, а не где вы находитесь. Если вам звонит друг и спрашивает: «Где ты?», ваш ответ должен быть «I am on the bus/plane…«. Но если вопрос о том, на чем вы едете, то тут точно by.
Дальше. By в английском — это творительный падеж в русском. То, что отвечает на вопрос «кем/чем», то есть означает кто/что совершил какое-то действие. Картина написана Пикассо (кем? Пикассо). The picture was painted by Picasso. I got hit by car (чем меня сбили? Машиной).
К этому же смыслу авторства примыкает еще одно значение by. By дает ответ на вопрос «каким образом» что-то было сделано.
I will send you the info by email — я отправлю всю информацию тебе (каким образом?) по почте.
It happened with me by chance — это случилось со мной случайно.
Еще by значит «рядом», «поблизости».
I will always be by your side — я всегда буду на (рядом) твоей стороне.
I am waiting you by the corner cafe — я жду тебя на углу у кафе.
И, наконец, последнее, но очень важное. By значит, что что-то делается к какому-то времени.
He should be home by now — он должен быть уже дома (к настоящему моменту).
By 18 years I had started to live separately from my parents — к 18 годам я уже начал жить отдельно от родителей.
I will have graduated by 2022 — я закончу университет к 2022.
Что важно, by — это именно «к какому-то времени», а не «в какое-то время» Чувствуете разницу? Приходи к шести или приходи в шесть.
Напоследок несколько устойчивых фраз с by (они все вписываются в перечисленные смыслы выше):
one by one — по одному;
by now — на настоящий момент;
by chance — случайно;
by and large — в общем и целом;
by all means — во всех смыслах, абсолютно, совершенно;
by mistake — по ошибке;
by the way — кстати.